然而在巨大的成功之后，随着阿尔沙文，季莫什丘克，波格列布尼亚克等球队核心纷纷登陆五大联赛，泽尼特队战绩也大不如前，2007-08赛季仅仅获得了俄超第五名，欧冠小组第三出局后重回熟悉的欧洲联盟杯赛场，但却在第二轮不敌乌迪内斯惨遭淘汰。2009年8月10日，战绩不佳的泽尼特队解雇执教三年的功勋教头艾德沃卡特，随着三大主将和艾德沃卡特的离去，泽尼特开始了艰辛的重建之路，但球迷们永远不会忘记伟大的泽尼特在2007年的俄超冠军和2008年的欧洲荣耀，辉煌过后更多的或许是对往日的唏嘘。

2010年夏天泽尼特终于在前罗马著名教练斯帕莱蒂的带领下重新看到了杀回欧冠赛场的希望，资格赛第四轮，泽尼特迎战同样是很久没有出现在欧冠赛场的欧塞尔队，首回合泽尼特主场占尽优势，但最终得势不得分，只以一比零小胜对手，而随后发生的事证明，这个比分给次回合主场作战的欧塞尔留了活口，他们最终被对手淘汰，将对手送入了淘汰赛。

不过好在泽尼特并没有没有沉沦，他们在欧联杯上的强势表现多少也给了球迷一些安慰，小组赛六战全胜，而国内则获得了联赛和俄罗斯杯赛双冠王，一切迹象表明，泽尼特已经在斯帕莱蒂的带领下重新成为了俄罗斯的顶级球队。

2011-2012赛季泽尼特再次回归欧冠联赛，与波尔图足球俱乐部--葡超冠军，顿涅茨克矿工足球俱乐部--乌超冠军，希腊人竞技足球俱乐部--塞浦路斯冠军同分入g组。在经历了小组赛六场比赛的考验后，泽尼特队有惊无险的杀入了欧冠十六强，球队阵中的门将马拉费耶夫被评为欧冠小组赛阶段最佳门将。这是泽尼特历史上首次打进欧冠淘汰赛阶段，创造了球队的历史，也为球队在欧洲赛场上更进一步奠定了良好的基础。

2012-2013赛季泽尼特再次以俄超冠军的身份杀入欧冠正赛，这次泽尼特阵容齐整，除了原有的阵容班底，夏季五千万万欧元引进的巴西国脚绿巨人胡尔克和四千万欧元引进的比利时天才中场维特塞尔使得泽尼特队如虎添翼。