2013年12月21日世界俱乐部杯决赛，欧洲冠军杯冠军拜仁慕尼黑二比零战胜东道主球队拉贾·卡萨布兰卡，获得冠军，同时也以年度五冠王的辉煌战绩完美收官。

2014年3月12日2013-14赛季欧冠18决赛次回合拜仁慕尼黑主场一比一阿森纳，拜仁总比分三比一淘汰枪手。这是欧冠改制后，德甲巨人第十三次晋级欧冠八强，枪手则连续四个赛季止步十六强赛。第五十五分钟施魏因斯泰格先拔头筹，第五十七分钟波多尔斯基劲射得分，伤停补时阶段罗本赢得点球，穆勒罚失。

不过在014年3月25日因逃税案被判入狱三年半的拜仁主席赫内斯辞掉拜仁慕尼黑俱乐部所有职务。

2014年3月26日拜仁慕尼黑在客场以三比一轻取柏林赫塔队，在联赛还剩七轮的情况下领先排名第二的多特蒙德队二十五分之多，提前卫冕德甲冠军。拜仁在上赛季的基础上更进一步，在德甲五十一年历史上首次三月份就捧起冠军奖盘。

从2005-06赛季起拜仁慕尼黑队就开始使用他们新的主场慕尼黑安联球场。作为慕尼黑市标志的奥林匹克体育场以充满艺术气息的顶棚设计曾经闻名于世，但如今也要成为历史了。人们不禁要问，安联体育场为什么能给人留下如此深刻的印象，并成为慕尼黑市，尤其是拜仁慕尼黑俱乐部的新的标志。

安联体育场是欧洲最现代化的球场，2006年德国世界杯的揭幕战也放在了这里。当拜仁慕尼黑队主场比赛时，能容纳66000名观众的体育场将在照明系统的映射下成为一个红色的发光体，几英里外都可以看到。