那个赛季的冬季转会市场，球队引进了几位球员并将俱乐部历史巨星请回来担任体育主管一职，这几个举措为下半赛季马竞的成绩带来了积极的因素，不久球队就开始整体复苏，随着一连串的胜利，马德里竞技开始重新进入升级区，但希尔主席仍旧不满足，并将b队的教练提拔成为主教练，虽然在最后七场比赛中保持不败，但最终马竞还是以净胜球的劣势停留在了西乙。

虽然遗憾但是俱乐部也收获了一位有可能成为又一位马竞百年的巨星球员，他十七岁就代表球队上场并且在为数不多的出场机会中为球队攻入五球，卡尔德隆终于迎来了他们的新王子托雷斯。

对马德里竞技的球迷来说，200102赛季是个充满期待赛季，马竞在赛季开始表现良好九轮以后占据积分榜榜首，并从此一路领先直到夏天赛季的结束，经过了两年的炼狱，马德里竞技终于重新回到了他熟悉的并且赢得无数荣誉的西班牙甲级联赛。

2003年4月26日马德里竞技俱乐部百年庆典进入最高潮，为了这次庆典，球队在赛季初补充了大量具有丰富经验的球员，野心勃勃希望能够为百年庆典添彩，但是马德里竞技的管理层缺乏稳定性，在一连串不利战绩后功勋老帅辞职，但是积重难返的马德里竞技千头万绪，在那场百年庆典后输掉的比赛之后爆发了出来，同年在西亚邀请赛上马德里竞技二比零击败替补出战的中国大连实德，最终夺得邀请赛亚军。

2004年执掌马竞军团十七年之久的主席老希尔因病逝世。2007-2008赛季马德里竞技于西甲第三十七轮以一比零击败拉科鲁尼亚，自1996-97年度以来再次夺得欧联参赛资格。2009-2010赛季马德里竞技晋身欧足联欧洲联赛决赛，在加时赛以二比一击败英超球队富咸夺得首届欧洲联赛冠军，这是球队十四年来拿到的第一个冠军，也是事隔四十八年后再次羸得欧洲赛事冠军，接着参加欧洲超级杯，以二比零击败欧冠冠军国际米兰，夺得史上第一座欧洲超级杯。