在1936-37赛季，加泰足联举办了一项由六支加泰球队和四支瓦伦西亚球队参加的赛事，这项赛事是用来取代由于战争被迫取消的联赛，巴萨成为地中海联赛的冠军。

为了逃避战争，同时也是寻求资金来改善俱乐部可悲的财政状况，巴萨前往墨西哥和美国，有些球员甚至再也没有回到巴萨，1937年夏天球队以民主、自由大使的身份受到墨西哥的接待。

1938年5月16日弗朗西斯科·佛朗哥的军队进攻巴塞罗那时在巴塞罗那的社交俱乐部投掷了炸弹，造成了极大的损失，几个月后巴塞罗那被佛朗哥军队占领，巴塞罗那足球俱乐部作为加泰罗尼亚主义的标志，会员人数被勒令减少到三千四百八十六人，面临着巨大的生存问题。

1939年6月29日les rts球场为举办一场比赛而正式重新开放，比赛由一大堆军人和当权者主持，俱乐部在赛前一场演讲中声明自己不再是反西班牙情绪的载体，而是要成为新政权下西班牙竞技的新偶像。

1940年3月弗朗哥政府的官员恩里克·皮涅罗被任命为巴塞罗那主席，然后俱乐部的名字被勒令从原来比较英国化的名字 futbol cb barcelona 改为了西班牙化的 cb de futbol barcelona，直到1973年才恢复了原来的名字，加泰罗尼亚旗上的四道红杠被勒令减少到了两道，直到1949年恢复原状。

1943年对皇家马德里的比赛中，巴塞罗那队员受到了裁判和警察的死亡恐吓，巴塞罗那主席皮涅罗虽然是分子，但最后厌烦了自己的俱乐部受到了马德里政府这样的待遇，最后辞职。

1944年萨米蒂埃执教巴萨，赢得了1944-45西班牙联赛冠军，这是自1929年以来球队首个联赛冠军。