昆仑3的剧情自然是延续的昆仑1、2，不过分成了两段，第一段就是姬禅被神秘人救走，这个神秘人的真正身份其实就是玄武，也就是传说中的张三丰，不过他现如今的名字叫做秦。

原来在被封印后，玄武有一部分的神魂复生在了秦氏一族，秦就是他的分身或者说转世，不过是残缺的，这也是秦一直不能晋升为星际级成为真神的原因。

玄武是双法则的星际级高手，属于中位神这样的存在，拥有一阴一阳两种法则，秦是阳系法则转世，这也是秦在雷神3才拥有了堪比神氏的力量，可惜还没彻底消化便被灭霸一拳打爆。

不过秦并没有真正的死去，因为封印被破除，阴系法则跟真身解封，这是完整的玄武，虽然少了阳系法则，不过仍是下位神的存在。

所以玄武救下了姬禅，并传授他阴系法则，让他成为了接近星际级也就是真神的超级高手。

同时还收服了第一部出现的两个岛国美女高手，这两个是一个是岛国三大忍者流派不知流的火系变种人不知火舞（武井咲饰演），一个是岛国的偶像艺人，同时是空间变种人的麻宫雅典娜。

她们两个原本只是3级变种人。

在漫威世界变种人共分为Alpha、Beta、Delta、Epsilon、Gamma、Omega级，也就是希腊语里的第一、第二、第三、第四、第五个字母和终极的意思。

一级变种人，人数少于10%，有正常人的外表，有强大的能力并可以随心所欲地控制，如X教授，万磁王，属于超人级的存在，不过是超人级里面垫底的层次。

二级变种人，占全部变种人的10%，有常人的外表有强大的能力，但无法很好控制，如金刚狼、镭射眼，属于超级英雄，但不到超人级。