在印尼殖民史上最为重要的角色恐怕就是荷兰了，在荷兰人进驻这片区域后，并没有迅速建立起它的殖民统治体系，

而是和大多数西方殖民者一样把更多精力放在掠夺资源上，

逐渐控制贸易垄断权，后随着殖民影响力的不断强化，荷兰殖民者才逐渐的涉入群岛的内部事务，

殖民性质也越来越强，

并最终建立了殖民政府，以更为有效的控制如今的印尼。

但是这个时候的殖民统治力量主要集中于爪哇岛，仅仅在这个岛屿建立了完整的殖民行政体系。

对外岛的控制相对较弱。

随着自由资本主义的发展，西方列强之间的竞争不断加剧，国际市场的需求激增，于是荷兰殖民者加快了向外岛地区的扩张。

在20世纪初期，

荷兰人完成了对印度尼西亚群岛的全面统治，

如今印尼的行政疆域最终得以形成。

荷兰人没有创造印尼，也不不可能去创造，但是荷兰人用了300多年的时间最终规定了印尼的领土范围，也为民族主义力量的发展创造了环境。

然而荷兰的殖民统治方式给后来的印尼地方分离主义埋下了火种。

首先，荷兰统治印尼的首要任务是在经济方面的掠夺，其对印尼实现的统一更准确的说应该是形式上的完成疆域统一，

并没有在政治体制和思想文化上给予太多投入，

地方岛均缺乏印尼统一民族国家的认同感；其次，荷兰人早期仅在爪哇地区构建起了殖民行政体系，

实现了对该地区的有效管理，

这是以爪哇为中心的民族主义的开始，但是对外岛更多的是松散的、有更多自治权的管理，

使地方习惯于更为‘自由’的发展方式，

对中央的依赖性不高。

第三，印尼是一个多民族国家，在这样多民族的社会中，国家除了要履行阶级统治和社会公共服务职能外，还执行着一定的民族功能。

除了致力于各个民族在政治上的统一这一前提外，

也应注重各民族的经济文化相协调发展，

不能一味的为了追求政治上的民族大一统而削弱甚至牺牲部分部族的利益，这点很关键。

但在苏哈托时期和后苏哈托时期，

中央政府在地方分离主义运动高涨的地方都采取过暴力镇压的政策，强行控制地方民族，而不顾及其利益

这自然会引起地方强烈的不满和反抗。

在亚齐和巴布亚分别独立后，地方分离主义更是对民族独立充满了向往，只是因为政府的强力镇压才不得不隐匿，

但这种隐匿是暂时的，只等一个机会；

最后是文化和宗教方面，世俗政治与宗教政治的对于国家治理模式之争早在印尼建国初期的四五宪法的制定过程中就体现出来了。

在国家宪法制定的内容上，

非宗教的民族主义者与伊斯兰民族主义者在国家意识形态上进行了反复的数次协商和较量，

最终是非宗教的民族主义者获得了胜利，

在宪法上最终确立了政教分离的原则，但问题并没有彻底解决。

虽然非宗教主义的民族主义者占上风，取得了按其意志制定宪法的权力。但印尼是个宗教文化多样化的国家，

多种宗教在国内共同发展。

这些宗教在有的地区传播历史非常悠久，

有的甚至在该地区已经根深蒂固，深深地影响了当地人民的思维和生活。

对中央与地方关系矛盾影响重大的是爪哇传统文化中的‘同一性’和‘神秘主义’两个元素，

这两个元素被中央巧妙的利用，

成为为中央集权服务的文化理念的一部分，本来‘同一性’的要义是和谐、多元，在兼容并蓄和包罗万象的基础上实现统一，

当实际操作却并非如此，