就在各舰陆续弹射飞机准备发动第二波攻击时，总指挥堀悌吉的第二道命令下来了：“各炮击舰队全速前进，展开对蒙巴萨炮击，其余舰队按预案护卫机动舰队向前突进50海里。”

“提前了？”里希特霍芬迷惑不解：不是午后行动、利用夜幕对港口发起炮击么？现在才刚过9点就下达了这个命令，但既然有明确命令，早已心痒痒的各舰立即遵令执行，在总旗舰武藏号带领下以25节的速度朝蒙巴萨扑去。

由于周围300公里的侦查都没有发现敌舰队，因此机动舰队准备的第二攻击波主目标依然是港口，为加强舰队防御，高达54架战斗机被留下来掩护反正蒙巴萨方向的战斗机和机场基本都被清空了，轴心联合舰队拥有绝对制空权。

蒙巴萨港口内的地下指挥部内，在日、德飞机退走后，艾森豪威尔一边指示部队冲出来展开救援，一边咬紧牙关听着各方汇报上来的紧急情况，2个多小时后，越来越多的信息涌了进来：

“陆基战斗机和舰载战斗机（也配置在陆地机场上）一共损失52架，其中47架在空战中被击落，5架在地面或起飞阶段被击毁，约有33名飞行员成功跳伞，目前搜救成功者17人，其余人员失踪，另俘获日、德飞行员各两人，我机场被全面摧毁，油库、弹药库发生大爆炸，损失极大，唯有地下深埋的3号油库安全。机场守军、地勤与其他人员伤亡400余人……”

“在港口停泊的军舰、运输舰或商船全部被击沉，暴怒号航母堵塞了航道，目前已成功救援海军官兵和水手2000余人，估计在空袭中失踪、阵亡的人员不少于2000……”

“码头、近岸工事遭敌重点攻击，大约24门中大口径高射炮被摧毁，剩余防空火力大约还有12门，40小口径高射炮群剩余一半，整体伤亡超过700人，码头各物资仓库共有49个，其中17个完好无损，被废墟掩埋，仍可抢救的14个，其余仓库完全毁灭或尚在中起火，其中2号弹药库、5、6号两个汽油、柴油库被摧毁，1号重油库正在起火，目前无法援救……”

“各地面部队基本都进入防空工事躲避，暴露在地面的坦克、装甲车、火炮与高射炮遭到敌军进攻，损失轻微，总体伤亡不超过100。”