同时四川承宣布政使司境内明四川巡抚：徐元泰、明四川总兵：李应祥，分别集结了播州宣慰使司、酉阳宣慰使司、天全六番招讨使司、的驻军配合卫所军分数路进行镇压。

由明四川总兵充任中路指挥，在军中竖立红、白旗各一面，令陷入军中的无辜汉民徒手站立于红旗之下，又令不愿意依附叛军的苗、瑶居民徒手站立于白旗之下。

这样区别对待，使得多数人投降未参与到其中，免遭明军杀害，也就减少了反抗的力量。

2月25日明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，在对建州左卫女真苏克素浒河部、董鄂部，取得胜利之后，又剑指苏克素浒河部左邻哲陈部。

明建州左卫军民指挥使身先士卒，以佟·努尔哈赤，这个伪名字为由打着劫掠商人破坏边界安定之名出兵，以披甲兵二十五人、士卒五十人攻打建州左卫女真哲陈部界凡城，也是为了追捕之前的逃亡者。

但因对手准备充分，使得建州左卫军民指挥使司军队无所斩获，当回师到界凡城南部的太兰冈城时，界凡城主：讷申、萨尔浒城主：奈喀达（诺米纳之弟）、东佳城主：章佳·完济汉、巴尔达城主：沙达木，分别率领八百追兵赶来合围。

史称「玛尔墩城之战」建州左卫军民指挥使司方面才仅有四百人，由界凡城主：讷申、界凡主帅：巴穆尼，率先逼近建州左卫军民指挥使司军队。

明建州左卫军民指挥使则单骑回马迎敌，把界凡城主的马鞭给斩断，在回马挥刀砍中界凡城主后背将其劈为两段，又回身一箭击毙界凡主帅。

后方的追兵见主帅阵亡！均呆在一旁，其余三路不敢轻易靠近，明建州左卫军民指挥使为了安全亲自殿后，用疑兵之计与其部属亲信七人将身体隐蔽，貌似有伏兵一样仅露头盔，对方失去主帅军心不稳，又担心有伏兵因此不敢再追。

3月初3日，明神宗以天象异常下诏求言官上书，希望廷臣们直言朝政，凡有妨害民生者，允许各衙门明白条具，奏请定夺，以仰回天意，以遂民生，共享天下太平之治。

于是明刑部员外郎：李懋桧、明户部云南清吏司郎中：刘复初，争相进言明郑皇贵妃及明王恭妃册封之事。

惹得明神宗勃然大怒，欲从重惩治，朝廷内外群臣们并没有因此而恐惧，还依旧上疏络绎不绝。</br>

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