于是官兵便分为五路逼近城下，明宁夏卫总监军副使：梅国桢、明陕西提督：李如松，统率辽东都指挥使司铁骑、万全都指挥使司宣府镇宣府三卫军队、山西行都指挥使司大同府四卫军队包围过去军势大振。

6月15日再一次攻城，连战不下，起初，明陕西三边总督：魏学曾，遣人招降叛军宁夏卫总镇总兵：刘东旸、叛军宁夏卫总镇右副总兵：许朝，曾在平凉府固原州固原卫总镇停留了十余日等待消息。

就被明宁夏卫监军副使给弹劾，明神宗当即下令责备他玩忽职守，恰好明固原卫总镇副总兵：李昫，渡过黄河又迟了点，导致河套部袄儿都指挥使司的叛军先进入，让明军再次作战失利。

这让明陕西三边总督很是生气，就上疏朝廷要求明宁夏卫监军副使不要参与兵事，明神宗就命令明宁夏卫监军副使遵守这一点，但明宁夏卫监军副使却颇不满意。

等明陕西三边总督来到中军帐之后，明宁夏卫监军副使立刻在诸将面前指责他的过失，诸将们则观望不定，只能任由明宁夏卫监军副使上奏弹劾明陕西三边总督坐实玩忽职守之罪。

6月25日明军用布袋三万个，盛土用来堆积城墙登城，明大同总镇总兵：麻贵，又率先提议道“三边总督大人，咱们光是围城，恐怕不能够逼迫叛军们出来吧？何不利用黄河之水往城里灌城，水淹叛军，让他们失去外援。”

此计立刻被明陕西三边总督给采纳了，明军们开始乘势环城筑堤一千七百丈，决定用黄河之水灌城，并打算击退城外河套部蒙古援军，让城中缺粮，在逼叛军宁夏王：哱拜，投降。

7月初3日，明陕西三边总督决定在众将面前立威，夸下海口定能剿灭叛军俯首称臣，明甘肃总镇巡抚：叶梦熊，听后向朝廷上奏赐他「尚方宝剑」。

随后明甘肃总镇巡抚、明陕西三边总督、明宁夏卫监军副使，三人定下计策来，下令挖开黄河大坝之水灌城，水流迅速到达城下。

此时河套部明袄儿都指挥同知：孛儿只斤·卜失免、河套部明袄儿都指挥佥事：孛儿只斤·庄秃赖，率三万骑兵前来相助叛军宁夏王：哱拜，进犯延绥总镇榆林卫安边守御千户所、宁夏后卫兴武营守御千户所。

这支河套打儿汉子部首领：孛儿只斤·土昧（铁雷）为前锋，而另外派遣河套右翼多罗土蛮部太师：宰僧，率领一万铁骑从宁夏后卫西沙湃口进攻。

明军方面则由明大同总镇总兵：麻贵，在右沟阻击，其士气稍稍有些挫折，其余将领分路赶赴平凉府下马关及宁夏中卫鸣沙州堡一带，负责阻击朵甘都指挥使司入境的漠南蒙古土默特部军队，以及南下的河套部蒙古军。

明陕西三边总督：魏学曾，命令明镇戎守御千户所游击将军：龚子敬，扼守沙湃口，在征召明延绥总镇总兵：董一元，前去捣毁河套打儿汉子部首领的巢穴，斩首一百三十六人，致使河套打儿汉子部首领率先撤军，其余河套部蒙古军相继逃跑。

之后又在沙湃口遇上了负责阻击的明镇戎守御千户所游击将军，明军将他们重重包围，但怎奈河套部蒙古军如困兽之斗，爆发出骑兵强大的优势冲散了明军火铳队阵营，斩杀了明镇戎守御千户所游击将军：龚子敬，才匆匆离开。