还招回李氏朝鲜军民妇女五千六百余名，焚烧倭船七百余艘，获得粮米二万五干九百余包，牛马械器无数，朝廷赏银八千两，赐红锦飞鱼服给武将们世袭。

并命明兵科左给事中：徐观谰、明朝鲜监军尚庆左右道：陈效，核实情况奏报朝廷，还晋升明朝鲜经略：万世德，为「都察院右副都御史」荫封一子入世代官籍。

同时幕府冈山藩左卫门督：小早川秀秋，等部7万多人回国休整，仅留幕府第一军左副将：加藤清正、幕府第五军下参议：岛津义弘，等6万4千人防守李氏朝鲜王国占领区。

7月22日，年老体虚的幕府从一位太政大臣：丰臣秀吉，在京都伏见城，召见五大老既（幕府从二位权大纳言：前田利家、幕府从三位中纳言：宇喜多秀家、幕府从三位权中纳言；毛利辉元、幕府从三位参议兼权中纳言：小早川隆景、幕府下参议兼少纳言：上杉景胜）以及幕府内大臣：德川家康，包括五奉行既（幕府京都所司代兼弹正台弹正少弼：浅野长政、幕府大奉行兼任堺町奉行：石田三成、幕府丹波龟山藩兼民部卿法印：前田玄以、幕府大藏卿：长束正家、幕府式部卿：增田长盛）

另由〈三中老〉幕府高松城主兼赞岐国藩主：生驹亲正、幕府从五位下带刀先生兼出云国松江藩主：堀尾吉晴、幕府式部少辅：中村一氏）负责五大老与五奉行之间的协调与沟通。

幕府太政大臣要求他们一起辅佐，自己的幼子：丰臣秀赖，其根本目的是要以合议制度来抑制幕府内大臣的抬头，以确保丰臣政权可以代代相传。

8月18日，交代完后事之后幕府太政大臣：丰臣秀吉，便在京都伏见城死去。

同时明水师提督还派遣战船数百艘，分布于忠清左右道、全罗左右道、庆尚左右道，等重要海口严防倭军。

9月11日，明备倭总兵再次包围幕府第一军左副将于蔚山都护府，两军互有胜负，但最后却遭到幕府左近将监兼侍从：立花宗茂，的后续援军赶来救援，先以千人夜袭明军后，在以假营伏兵攻击追来的明军使其败退。

10月初2日，幕府太政大臣于8月18日死于京都伏见城的消息传至李氏朝鲜王国，让前线的倭军将领们士气因而受挫，又接到五大老与五奉行的命令开始撤退，由幕府第一军左副将首先下令乘船撤退。

随后明备倭总兵让明军追击幕府第一军左副将，并火器优势取得胜利。

10月11日，西路的明御倭副总兵、东路的明备倭总兵，两路明军进展都比较顺利，而中路的明中军都督府左都督率兵3万人攻打倭军新起的泗川县城寨时，由幕府第五军下参议率7千兵力驻守。

由于明军火炮营在布阵后，中军都督府士兵皆是南直隶中都留守司附近驻军，素不习战，亦不太擅长火器，明军火炮手先以大将军炮、攻戎炮，等火炮打破泗川县大门一扇、城垛数处。

之后又发各类火器，在点火时的有些火炮突然炸膛，并引起了大营火 药库的连番爆炸，硝烟掩盖半边天，全军上下顿时乱成一片。

这时幕府第五军下参议一看明军大营发生爆炸，随即命令倭军出击，混乱中的明军大乱，倭军从前小门杀出，直冲中军都督府明军，导致中军都督府各路卫所明军皆被屠杀溃走，三千中军都督府士兵，战后止存五、六十人，是为〈泗川之战〉。