因此明云南巡抚便指挥云南都指挥使司的滇军，一鼓作气追击叛军，擒其巨魁十二人，并活捉叛贼首领，收回武定府印玺。

9月初1日，明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，借机讨好明辽东总镇总兵：李成梁，并以辉发女真部贝勒：纳拉·拜音达理，兵助叶赫女真部以及聘我二女：爱新觉罗·嫩哲，而不娶为由亲自带兵征讨海西辉发女真部。

然而明建州左卫军民左参将：钮祜禄·额亦都，却向他禀报道“女真语：启禀贝勒爷，那辉发部首府在地势险要的扈尔奇山城，又经拜音达理加固城墙易守难攻！若我建州大军一动，可能他辉发军必然会加强戒备闭门坚守强行？攻城虽然可以取胜，但伤亡必然多，倒不如先派出几十名武士，化装成辉发部人，潜入城中在里应外合，那么扈尔奇山城可一鼓作气拿下。”

此举被明建州左卫军民指挥使同意了，随后明建州左卫军民指挥使率领1万建州女真军离开赫图阿拉城，开始包围了辉发女真部首府〈扈尔奇山城〉。

已在城外守候两天的明建州左卫军民左参将，突然来到中军帐内说道“女真语：伏兵已进城二日，各项工作也已完成，可以攻城了。”

于是建州女真大军开始攻入城内，一举灭了辉发女真部。

待建州女真八部军队回到都督府「赫图阿拉」之后，明建州左卫军民指挥使就以明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，按兵不动，故此被削去正蓝旗、镶蓝旗贝勒爵位。

不甘心的他带着长子明建州右卫军民指挥同知：爱新觉罗·阿尔通阿、三子明建州右卫军民镇抚使：爱新觉罗·扎萨克图、商议另立门户，并与兄长适行分庭抗礼，还迁居到〈黑扯木〉这里属于大明帝国的辽东都指挥使司重镇［铁岭卫］附近，可以依靠明军保护，东面又是海西乌拉女真部方便能联系到盟友。

而明辽东总镇总兵看准时机与明建州右卫军民指挥使联姻，让二子明宁夏右屯卫总兵：李如柏，娶明建州右卫军民指挥使次女：爱新觉罗.娥恩哲，为妻从此两家关系友好。

12月10日，云南承宣布政使司叛贼攻陷了武定府、云南府嵩明州、禄丰县，杀死了明禄丰县知县：苏梦旸，等一大批地方官吏，叛贼首领：郑举，还立叛军头目：阿克，为武定府知府。

明万历三十六年公元1608年2月26日，明蓟辽总督兼都察院右都御史：蹇达，上疏说道“近来建州努尔哈赤日渐骄横，辽东都指挥使隐忧可虑，请陛下早议战守事宜，时漠北蒙古喀尔喀诸部悉已为建奴所统一，臣为此亦纷纷疏请速罢矿税，以安人心，以固边防。”

此奏折一出让明神宗看后，先是不加理睬，毕竟建州女真八部连年朝贡，且稳定边疆，虽然偶有战事但也不过是女真内部事宜，无伤大明边防，又加上李家一直替建奴说话，故此便将备战奏疏转给兵部处理，后始下令整饬边备。

然而明兵部尚书：李化龙，手下左右侍郎等官员皆是虚衔，有些官职甚至无人充任！再加上经历（万历三大征）之后国库银两损失过大，且处于党争以及开矿时期，又没陛下备战旨意，加上建奴并未造反，故此兵部没有任何备战的意思！

4月20日，明礼部尚书兼东阁大学士：李庭机，称“自臣受事以来，饥馑日趋严重，云南承宣布政使司、两广之地冠敢于横行，辽东都指挥使司建奴渐骄，皆深可忧虑！每见参劾将领之章奏，多是尅饷剥军，没人与士卒同甘苦，兵弱饷急，太仓库久空，太仆寺亦空，内库难捐，税使难撤，部、院缺官，六科、十三道积滞，人心日以涣散，政事日以废弛，盐法积弊不可禁除，京商苦累莫为计议，至于工作之虚糜，官吏之贪墨，刑狱之淹抑，风俗这奢靡，民间之愁怨，天下事尚有不能尽言者。臣论义则不可当止，论力则不能当正，请赐罢归。”</br>

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