无奈之下明李选侍只能反击，她派遣宦官去召明皇太子：朱由校，入乾清宫议事，却被明顾命大臣：杨涟，所阻挡还严肃说道“殿下在东宫为太子，今则为天子，区区李选侍怎配召见天子？”

说完就怒目将前来传话的宦官给逼退。

9月初5日，眼见皇太子殿下登基大典将近，而明李选侍仍赖在乾清宫内不出，致使明顾命大臣心急如焚，又联络了诸大臣们聚集慈庆宫，要明内阁首辅：方从哲，带头请皇太子殿下下诏驱明李选侍移宫。

可怎奈明内阁首辅却不以为然地说道“迟亦无害。”

于是明顾命大臣则争辩道“昨日就以皇长子就东宫位，明日既为天子，乃反居太子 宫以避宫人乎？”

不过当时还有人提出明李选侍乃是先帝的嫔妃，若逼之过急，是否有失体统？没想到明顾命大臣立即斥责道“诸臣皆受顾命于先帝，而先帝自欲先顾其子。”

并且表示“能杀我则已，否则，今日不移，死不去。”

其他大臣们见状亦纷纷赞言助之，此事还惊动了慈庆宫中的明皇太子，他当即就遣人让群臣们退去，但是明顾命大臣依旧不肯服从，还以一人之力拉拢群臣们，继续抗辩道“李选侍阳托保护之名，阴图专擅之实，宫必不可不移。”

就这样在明顾命大臣等大臣的坚持下，明皇太子只好下旨遣明李选侍即日移宫。

之后明李选侍接旨，得知败局已定，只好哭哭啼啼地迁出乾清宫。

次日，明皇太子：朱由校，在举行完所有祭祀仪式后，就在皇极殿内正式登基，即明熹宗，由于他父皇的年号「泰昌」本定于明年用的，但是现在却提前驾崩了！

所以经过内阁大臣们商议后，均一致认为大行皇帝在位期间不足一年，其年号不好记，于是就把万历四十八年的阳历8月，定为太上皇～明神宗最后一年，而阳历9月正式改元为〈泰昌元年〉以纪念先帝明光宗在位年号，并规定改次年年号为［天启元年］。

从先帝：朱常洛，驾崩到新皇：朱由校，登基，前后不过六日时间，明顾命大臣：杨涟，为辅佐皇太子殿下顺利登基而呕心沥血，几乎是夜夜不寝，史称（在六日内便须发尽白，帝亦数称忠臣也。）

9月初8日，明工科右给事中：惠世扬，弹劾明内阁首辅：方从哲，十大罪。

说道“独相七年，妒贤妒能，骄蹇无礼，失悮哭临；梃击青宫，庇护党奸；恣行胸臆，破坏丝纶，纵子杀人，蔑视宪典，沮抑官僚，蔽塞耳目；陷城失律，宽议抚臣；马上催督，致丧全师；徇情罔上，鼎铉贻羞；代营诸税，蠹国殃民。”

接着又弹劾方从哲无君罪三条，其一为徇郑皇贵妃、其二为受美珠欲封皇贵妃、三为代崔文升脱罪，

这两本奏折呈上去后，明熹宗：朱由校，看了之后认为明工科右给事中是在诬陷同僚？