又加之二人的守御方针不同，王巡抚主张分兵把守要害，熊总镇经略则主张集兵把守广宁卫一带，因此两人遂有间隙，进而互相抵牾。

再加上明广宁卫巡抚主战，明辽东总镇经略却主守，却反而遭到了明兵部尚书及朝中大臣们多偏袒王巡抚。

7月11日，明惜薪司太监：魏忠贤，唆使给事中：霍维华，私自上奏弹劾明司礼监秉笔太监：王安，让其降为〈南海子净军，既～南苑〉，而以明宝钞司太监：刘朝，为［南海子提督］在暗自挑唆其斩杀明南海子净军：王安。

故此明南海子提督：刘朝，刚到任后，就绝了明南海子净军：王安，的饮食，使得明南海子净军只得取篱园中的萝卜吃，三日内任然不死。

7月11日，因明辽东总镇巡抚：薛国用，辞职告养职位改由明广宁卫巡抚：王化贞，代替。

9月17日，当时正值辽东都指挥使司用兵之际，而西南土司兵骁勇善战可便于征调，因此明兵科右给事中：明时举、明都察院四川道监察御史：李达，就征调川军永宁卫以及永宁宣抚使司土司兵也一同援辽。

其中明永宁宣抚使：奢崇明，与长子明永宁卫指挥使：奢寅，早有反叛之心，因此借机会出兵3万人请行，先派其女婿明永宁宣抚使司佥事：樊龙，及弟明永宁卫镇抚使：樊虎、明永宁宣抚使司同知：张彤，等部将领带兵2万至重庆卫附近驻守。

又趁着明四川总镇巡抚：徐可求，在重庆卫教场内点发各路援军时，见到许多老弱病残以及不堪重用的刁兵等，便准备淘汰掉，发些路费让其打道回府，毕竟财政也困难。

于是借此机会明永宁宣抚使司佥事：樊龙，直接走马舞槊，直刺明四川总镇巡抚喉咙，当场使其毙命！

随后永宁宣抚使司土司叛军们一拥而上，明广西右布政使：孙好古、明四川承宣布政使司左参政：骆日升、明四川承宣布政使司右参政：李继周、明重庆府知府：章文炳、明重庆府同知：王世科、明重庆卫经历使：熊嗣先、明重庆府推官：王三宅、明巴县知县：段高选、明四川总镇总兵：黄守魁、明重庆府总兵：王守忠、明重庆府左参将：万金、明重庆卫指挥使：王登爵，等官员皆被斩杀！

明巩昌府知府：董尽伦，与明合州知州：翁登彦，一起固城把守，叛军们攻不进来就遣使前来说降。

但明巩昌府知府却大怒，当即手刃贼使，又率军反击挫败叛军前锋，待打退敌人时，还复率众人前去支援重庆府铜梁县有功。

当得知重庆卫失陷后，又受命前去收复重庆卫，但孤军深入，遇伏被围战死，导致明兵科右给事中：明时举、明都察院四川道监察御史：李达、明合州通判：王天运，等人俱负伤翻墙逃走。

叛军在夺取了重庆卫之后，叛贼首领：奢崇明，就分派部将分别前去扼守东北部的夔州府水口，以及南方的綦江县、遵义军民府，还有西南方向的泸州，并截川西栈道，致使全蜀震动！

叛贼首领还分兵先攻泸州合江县、纳溪县，以破泸州防御，大有打算西进攻取成都府的意思？

为此还建国号〈大梁〉设有丞相及五府等官员。