还让蓟州镇、辽东都指挥使司各地原来的将领们监管各处，见机行事时不必受到其他人的限制。

并且提升明山海卫监军副使：阎鸣泰，为〈辽东总镇巡抚〉又重用明兵部职方武选清吏司主事：鹿善继、明兵部主事：王则古，为「赞画」还请求从国库带走八十万两银子。

除此之外还让明山海卫总兵：江应诏，制定军事编制、明广宁前屯卫兵备道佥事：袁崇焕，负责建造营房、明抚夷总兵：李秉诚，训练火器装备、明兵部职方清吏司主事：鹿善继、明兵部主事：王则古，一起处理军需物资。

明兵部武选清吏司主事：沈棨、明工部员外郎：杜应芳，维修甲仗、明兵部司务厅司务：孙元化，修筑炮台，明中书科中书舍人：宋献、明羽林卫经历使：程仑，购买军马、明广宁义州卫兵备道佥事：万有孚，采伐树木。

至于明广宁中卫游击将军：祖大寿，就继续留在东部的觉华岛内辅助明广宁左屯卫右参将：金冠，海上驻防，明援辽左参将：陈谏，明援辽副总兵：赵率教，驻守广宁前屯卫、明宁远卫游击将军：鲁之甲，负责拯救难民、明宁远卫副总兵：李承先，训练骑兵、明义州卫左参将：杨应乾，招募辽人编制成军队。

此外明辽东总镇经略：孙承宗，还发现先前关上的士兵没有纪律，而且有大量的不符合条件人，居然也站出来冒领军饷。

于是明辽东总镇经略阅兵后，就将河南府、真定府，等地不符合条件的士兵全部遣返回乡。

又将明宁远卫游击将军所拯救出的难民，给征召了七千人出来去驻守广宁前屯卫，再让明义州卫左参将招募的辽人军队去镇守宁远卫，并请求李氏朝鲜王国前来声援辽东都指挥使司，又犒赏东江镇的明定辽右卫副总兵：毛文龙，为〈平辽将军总兵〉挂「征虏前将军」印，驻守东江镇，让他四面防卫。

并传令给明山东总镇总兵兼山东都指挥佥事：沈有容，进据广鹿岛配合防守以及救援难民。

而后明山海卫总兵：江应诏，被弹劾贪污军饷，明辽东总镇经略就上奏朝廷让明三屯营总兵：马世龙，代替，并让明抚宁卫总兵：尤世禄、明广宁前屯卫总兵：王世钦，为南北帅（左右参将）以听从马总兵调遣。

明熹宗：朱由校，听从孙总镇经略的建议，还赐给马总兵［尚方宝剑］负责节制关内外门户。

两位帝师～明登莱巡抚：袁可立，与明辽东总镇经略：孙承宗，均同为天启二年殿试同考官，他们共同主持辽东都指挥使司战事期间东虏建奴鞑子不敢继续侵略，明辽东总镇经略将海防军务委托给袁巡抚。

自己则负责坐守辽东都指挥使司收复失地，但朝廷却有人重视山海卫，而轻视沿海地区，甚至为了节省经费（毕竟江南东林党官员富商巨贾们都被明司礼监掌印太监：魏忠贤，拷打交税）所以竟有人请求朝廷要裁撤登莱巡抚职务！

好在明辽东总镇经略深明大义，知道朝廷党争内幕，便苦口婆心上奏劝说道“恢复全辽，必资于海。臣请求陛下敕，部分两镇汛地，酌给山东都指挥使司登莱两卫沈总镇总兵部兵丁，敕登莱巡抚袁大人用心料理，仍令节制两镇，凡一应兵马钱粮、徵收调遣、防剿功罪尽归经理。”

此举被明熹宗批准了。

不仅如此，明辽东总镇经略还前后修筑城堡数十座，练兵十一万、造铠甲仗、开屯田，军容颇振。

后与众将商议决定守宁远卫，在命明觉华岛游击将军：祖大寿，兴工筑城，共图大举请饷24万，明熹宗命所司给之，可兵、工，二部尚书却忌其成功，故用公文移往别处，以缓慢速度回复，导致筑城士兵竟不能出。