事后上奏报时，明贵州总镇巡抚：蔡复一，也因此遭到弹劾被罢免了官职。

3月初1日，朝廷经过商议后传旨让明贵州承宣布政使司左参政：王瑊，代为〈贵州总镇巡抚〉实际上仍由明兵部右侍郎：蔡复一，明贵州总镇巡按：傅宗龙，主持贵州都指挥使司军务。

他们决定采取沿河渡口置寨驻兵方案，就地屯田，彻底封锁水西叛贼的策略。

3月11日，趁着东林党人游走奔波，去营救之前被关北镇抚司诏狱的明辽东总镇经略：熊廷弼，而让明中书舍人：汪文言，负责多方上奏祈求赦免。

怎奈此举惹怒了魏公公，他借此机会派出北镇抚司锦衣卫出动抓捕了明中书舍人下北镇抚司诏狱，并让明北镇抚司锦衣卫指挥佥事：许显纯，施以酷法拷讯。

其中魏公公还让明大理寺右寺丞：徐大化，去弹劾杨涟、明大理寺左寺丞：左光斗，宣称其；党同伐异，招权纳贿，并假借［汪文言之狱］企图谋害杨涟等人。

明北镇抚司锦衣卫指挥佥事在魏公公的授意下，开始对明中书舍人严刑逼供，要他诬陷杨涟受贿，可免他一死，但明中书舍人却宁死不屈，只能仰天大呼道“世岂有贪赃杨大洪哉。”

这样明北镇抚司锦衣卫指挥佥事无计可施，只好自己捏造供状，用来诬陷杨涟等人曾受明辽东总镇经略：熊廷弼，的贿赂二万两白银。

随即魏公公就光明正大的，派遣了北镇抚司锦衣卫缇骑与东厂锦衣卫配合，一同前去逮捕杨涟等人来京审讯。

然而在审问明中书舍人：汪文言，当中由于负责刑案画押的明北镇抚司锦衣卫指挥副使：刘侨，不愿意逼迫犯人，也不肯做此等勾当，便被魏公公给赶出了北镇抚司锦衣卫衙门。

一切审问事务均交由明北镇抚司锦衣卫指挥佥事处理。

5月初4日，明都察院江西道监察御史：田珍疏，上奏称“限禄一法，以万历四十八年见给之数禄银二十万六千两为额，根据各府宗室多寡均定，除亲王本人定额外，以现在人数为准，日后子孙增多，止在原额内均支，要在禄支不滥。”

明熹宗看后遂实行。

6月11日，远在湖广承宣布政使司德安府应山县被贬为平民的杨涟，正被北镇抚司锦衣卫缇骑给逮捕押送起京，沿途群众闻讯，皆为杨涟报不平。

他们自动夹道哭送，所过里屯村寨地区，百姓们都悉焚香祈祷，保佑杨大人早日归来。

当时在明德安府知府：李行志、明应山县知县：夏之彦，等的倡议下四门设柜，捐俸首倡，百姓们大多数都出钱捐献，以求阉党与北镇抚司能够善待杨大人，最终只筹集了一万余两白银。

6月28日，杨涟被下北镇抚司诏狱审讯，明北镇抚司锦衣卫指挥佥事直接将北镇抚司锦衣卫诏狱的诸多酷刑，以及东厂酷刑均一一用于杨涟身上，几乎把他折磨得遍体鳞伤，奄奄一息。</br>

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