随后在一切准备妥当之后，就正式下旨将魏公公之罪昭告于世，为了惩罚他，就贬魏忠贤去南直隶中都留守司凤阳行都督府孝陵卫祖陵管理香火。

包括明奉圣夫人：客印月，被送进浣衣局做苦力，以及部分阉党厂卫均被收押入北镇抚司诏狱。

然而魏公公虽然被调去南直隶中都留守司凤阳行都督府，但临走前的阵仗规模却很大，依然有一千名护卫随行，还有几十辆大车装载物品（金银珠宝以及服饰用品等）而且还带着大量随从，威风丝毫不减。

因此11月初4日，明毅宗就以魏公公为「将素畜亡命之徒，而身带凶刃，不胜其数，环拥随护，势若叛然」为由，下令将其逮捕至京师。

11月初7日，行至北直隶河间府阜城县的，魏公公就从阉党成员明顺天府治中：李朝钦，那里提前得知了陛下要捉拿他回京问罪这个旨意，故此两人在痛饮一番后，便双双自缢而死。

其后北镇抚司锦衣卫缇骑来到时，按口谕将其磔尸，并把首级悬挂于河间府城楼之上，就连魏公公其侄明宁国公：魏良卿，也被北镇抚司锦衣卫缇骑在京师抓捕。

但他却解释道“吾生长田舍，得负耒耜足矣，何知富贵？今曰称功，明日颂德，功德巍巍，自当封拜，吾不合为珰侄，遂以袍册加身，是称功颂德者，以富贵逼我，吾何罪也？”

同日也被斩首。

至于浣衣局的客印月则被廷杖而杀，正要抓捕明太子太傅：崔呈秀，时他就在府中首先自缢。

其后明毅宗又召回了各地镇守的宦官，并且平反了天启末年迫害东林党的冤狱，还烧毁《三朝要典》，治定「钦定逆案」，将魏忠贤等255人均定为〈逆党〉其阉党门下的党羽或处死、或削官职、或充军，从而实现了拨乱反正之意。

时人评论此举不动声色，潜移默夺，非天纵英武，何以有此，也被东林党官员们拍手叫好，还向天下百姓军官们大肆宣传，从此江南一带的东林党官商们也就不用再交阉党定下来的税赋了，也算是变相的减少朝廷税赋，到最后变成了想方设法的抗税。

这对于明毅宗这个新皇来说，丝毫不亚于饮鸩解渴，好心做了坏事！

11月26日，明毅宗下诏称“连年加派，水旱频仍，商困役扰，民不卿生，朕自御极以来，孜孜民力艰苦，思与休息，今将苏杭现在织造解进，其余暂停，以示敬天恤民之意。”

得到大批百姓乃至当地官商们的一致叫好。