但基本上也闹不出什么大动乱了，毕竟兵力有限仅两万人，明军方面的将领也不愿意再大动干戈，便遣使招降明贵州宣慰使。

可刚刚叛乱的明贵州宣慰使却犹豫不决，明贵州总镇巡抚当机立决遂采取四面迭攻方式，渐次荡涤的作战方针，屯兵险要，四面包围，逐步压缩，绝其资储的方法加以逼迫，经过一百多次的围剿，斩杀叛军万余人。

迫使走投无路的明贵州宣慰使终于遣使乞降，明军〈永宁水西平叛战争〉到此结束，贵州承宣布政使司以及四川承宣布政使司、云南承宣布政使司三地境内，又恢复了往日的安宁。

于是明贵州总镇巡抚连忙奏疏，请求将新收土地册封给有功将士，得到朝廷允准，但依旧让明贵州宣慰使：安位，担任职务，只不过分割部分领土化入军屯。

在叛乱平定后，四川都指挥使司的诸将们均被认为是功劳最多的，但在处置川贵之争时，明贵州总镇巡抚：朱燮元，却偏袒贵州都指挥使司诸将们，甚至把四川都指挥使司诸将们的功劳比作云南都指挥使司将领们的功劳！

因此才受到了明四川总镇巡按：马如蛟，的弹劾。

这气得明贵州总镇巡抚极力请辞，任然被明毅宗极力挽留。

随后明贵州总镇巡抚：朱燮元，继续派兵讨伐贵阳军民府定番州、安庄卫镇宁州等地的苗人叛乱，还顺势修通了威清卫等上六卫及平越军民卫、清平卫、偏桥卫、镇远卫，等四卫共一千六百余里的道路，沿途修缮堡寨，设置游徼。

同时还将原明贵州宣慰使司同知：宋嗣殷，的领地［洪边十二马头］改土归流，设立〈开州〉并奏请恢复原施秉县，招徕流民，以充实户口。

9月初1日，东北后金汗国展开人才大培训，主要是想提拔一批抗明的文臣武将出来，毕竟经过之前被明军偷袭打得（萨尔浒大捷），使得后金汗国境内投降汉官们人人被猜忌。

也让后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，认为不得不改变国民思想，举行考试选取儒生，凡是之前辽东都指挥使司被俘为奴的大明生员尽皆选拔而出。

分批一一进行考试，以辨优劣，一等者赏缎二，二等、三等者赏布二，俱免二丁差徭。

一时间成为了后金汗国境内大明汉人奴役们翻身的起点，大批辽东汉人不在抵抗，纷纷投入后金科举制当中。

10月初2日，后金天聪汗在稳定好后方起义势力后，打算孤出一掷立即集中80%的兵力，外加漠南蒙古军队总计10万兵马，借道漠南蒙古绕过大明帝国宁广防线开始南下，仅留少数兵力驻守国都盛京城，以及防御东江镇、皮岛部残余明军偷袭。