遂停止追击，转而下令攻打大明帝国万全都指挥使司从柴沟堡进入内地，过万全左卫、宣府前卫、宣府左卫、宣府右卫、保安州（保安卫）过延庆州走永宁县，避开永宁卫与延庆左卫彻底摆脱大明追兵，成功返回长城关外。

途中还收拢了漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔），所部遗众数万人，迫使漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗亡命到朵甘都指挥使司（青海蒙古土默特部），在逃难过程中部众大量流失。

7月初6日，来到北直隶顺天府紫禁城内的孙元化、王徵，等官员上奏诏安山东承宣布政使司叛军之事，但却被众官员弹劾。

连同王道纯等官员也一起被抓下狱治罪，至于王徵因为朝中好友官员力保，仅仅只是发配到山东都指挥使司莱州卫充军，免除一死。

7月10，明叛将：孔有德，再次用诈降术来对付一起出城招抚叛军的明登莱巡抚：谢琏、明莱州府知府：朱万年，两人还传令让明山东总督：刘宇烈、明山东总镇总兵：杨御蕃，也来招降。

其中明莱州府知府与明登莱巡抚，闻讯刚到叛军军营门口，就被叛将：李九成，残忍杀害。

此时莱州卫城内的杨总镇总兵，也果断下令向叛军密集处开炮，导致叛军们死伤累累，还上奏朝廷请求增援，并且断绝招抚念想！

然而面对明登莱巡抚：谢琏、明莱州府知府：朱万年，两位官员的死，也让朝廷彻底认识到了招抚政策已经无效，不应该再对孔李二人抱有任何幻想，因此明毅宗信王崇祯帝：朱由检，也打算全力征调精兵围攻叛军。

甚至还从辽东都指挥使司前线，抽调了2千战斗力强悍的关宁铁骑兵前来参与平叛。

8月13日，朝廷任命明都察院右佥都御史：朱大典，为〖山东总镇巡抚〗前来救援莱州府。

很快明山东总镇巡抚：朱大典，就率领数万兵马以及关中劲旅抵达山东都指挥使司德州卫、德州左卫，一带并迅速过济南府、青州府，在率军行进到莱州府昌邑县，就此几路援军们开始集合并誓师。

其中关宁军由明宁远卫总兵：金国奇、明内官监太监兼登莱监军：高起潜、明宁远卫左参将：靳国臣、明广宁左屯卫指挥使：祖大弼、明宁远卫右参将：祖宽、明宁远卫镇抚使：张韬、明宁远卫游击将军：吴三桂、明抚宁卫镇抚使：刘良佐，等将领统帅大军总计2万5千兵马出击。

众将们首战迎敌便斩杀了叛将：陈有时，后又分兵三路，对多达十数万的叛军发起进攻。

先由明宁远卫总兵：金国奇，率部从中路进攻、再由明昌平州兼居庸关总兵领招抚提督：陈洪范，率部从南路进攻、明天津卫左参将：王之富，率部从北路进攻。

8月20日，明军们开始进兵山东承宣布政使司登州府黄县，叛军们不得已只能倾巢出战，却抵挡不住被关宁军与北直隶地区的卫所军进攻，叛军们很快就被打败。

9月初2日，大明帝国南方沿海地区海盗首领：刘香，连续攻打福建承宣布政使司、广东承宣布政使司沿海州府县地区。

其中明广州前卫都司：许当辰，率兵围剿海盗时不幸战死！朝廷便派明福建总镇巡抚：熊文灿，升任「两广总督」事务，并且商议是否要诏抚海盗首领。

毕竟明延平卫游击将军：郑芝龙，就是被朝廷所诏抚的海盗之一，因此明两广总督：熊文灿，决定再次采取诏抚政策。

而海盗首领：刘香，便佯沿海卫所引诱明军出来，结果明广州府兵备道兼广东海道副使：洪云蒸、明广州府兵备道兼广东海道佥事：康承祖、明广州府左参将：夏之本、明香山守御千户：张一杰，相继入得香山县宣谕，却被海盗首领给俘获。