正因有了盟友的支持，漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗一没有物资，就发兵攻打大明帝国陕西行都指挥使司甘肃总镇地区的卫所，以掠夺人口、粮食。

另一边刚投降后金汗国的，后金都元帅：孔有德、后金水师总兵：耿仲明，二人因咽不下这口恶气，便企图借助后金八旗铁骑之手来报仇雪耻。

但后金天聪汗精明，自然能洞察他们这点小心思了，便不愿被他们当枪使，而当时后金大臣们却普遍认为攻取金州卫、金州中左守御千户所（旅顺）的时机已经成熟了，还不断上奏出征。

其中以后金兵部启心郎：丁文盛、后金兵部笔帖式：赵福星，上奏称“明廷黄总镇总兵今占据金州卫与金州守御千户所，甚为我国心腹之患，前日虽欲举兵，但犹阻于水路难通，彼得捍御一面，非计之得也，今日既有船只，又有孔耿二位水师将领充当先锋，当顺水而进，随以红夷大炮攻打前方，彼必首尾难顾，而黄总镇总兵必为我军所擒，此今日之机会，决不可失。”

最终经过后金天聪汗的深思熟虑之后，也决定正式下令进攻金州卫。

6月19日，后金天聪汗派遣后金兵部承政兼镶红旗贝勒：爱新觉罗·岳讬、后金户部承政兼正蓝旗和硕贝勒：爱新觉罗·德格类，率领右翼部将有；后金先锋总兵：舒穆禄·楞额礼、后金镶红旗固山额真：完颜·叶臣。

左翼部将则由；后金镶白旗固山额真：钮钴禄·伊尔登、后金三等子爵：昂阿喇，每旗副将一员、每旗甲喇额真一员、每牛录代子一员，及旧汉军额真兼三等总兵：瓜尔佳·石廷柱、后金都元帅：孔有德、后金水师总兵：耿仲明，共计马步兵骑兵万余人，浩浩荡荡开往取大明金州卫地区。

7月初1日，后金前锋军队已经抵达金州卫河北岸，还率军占领马头、黄金山，等制高点，并开始架设火炮，轰击金州卫的外围城墙，炮兵火力攻击持续了三日。

到了7月初4日晚上，后金军开始攻城，他们将几门红夷大炮直接推到城外，直接瞄准城墙开火轰击，还推出云梯、鹅车等各种攻城器械，企图一举攻克金州卫。

明东江总镇总兵：黄龙，由于抽调了部分兵力去协助李氏朝鲜王国海防，以防东虏建奴进攻，因此所在的金州卫境内明军兵力不多，他只能亲自登上城墙，指挥守军们作战。

明军用城头的火炮轰击远处的敌人，还用火罐矢石攻击城下的敌兵，并用长矛大刀刺砍爬上云梯的敌军，战况十分激烈！

经过两天两夜激烈的战斗，后金阵亡超过4千余人，但依旧猛攻黄总镇总兵组织的明军三次出城反击，虽然暂时将后金军击退，但后金军很快就再次卷土重来，围城攻打不辍。

7月初7日，新任尼德兰王国（荷兰）荷属东印度公司驻台湾府总督：汉斯·普特曼斯，率领以密德堡号为旗舰的13艘荷兰战舰，以突然袭击的方式对大明帝国广东承宣布政使司潮州府、福建承宣布政使司漳州府交界的南澳岛，发起了进攻。

南澳岛守军们立即给予还击，在激战中明南澳岛把总：范汝耀，身受重伤，17名明军将士阵亡，而尼德兰军队也有部分伤亡，不得不解围北上。

7月11日，尼德兰军船队Wieringer号，在东南沿海掠劫途中与26艘明军战船相遇，双方展开水战开火，尼德兰水师败下只能丢失物资撤退。

7月12日，尼德兰军船队开到了福建都指挥使司中左守御千户所（厦门）海域上，当时中左守御千户所港口内，正停泊着几十艘明明待修船只。