最后沈志祥选择了抚顺守御千户所作为屯军所，还被满清太宗赐封为〈续顺公〉。

3月26日，明沿海总兵来往于石城岛，一面处理明叛将：沈志祥，之乱的善后事宜，一面又屡次派人联络李氏朝鲜王国继续抗清以及恢复海岛之事。

但李氏朝鲜仁祖陵阳大君纯孝郡王：李倧，却迫于满清的压力，所以并没有接受明沿海总兵送来的文书，也没有回复！

不过这倒是让李氏朝鲜义州府府尹：林庆业，非常担心会引起满清方面的察觉？便派人哭着劝说陈总兵的使者，近期就不要再来李氏朝鲜王国了，以免引起不必要的的麻烦。

4月10日，明兵部尚书：杨嗣昌，以明叛将：沈志祥，降清为契机特此下令将东江镇所辖诸岛剩余数千名军民，尽数撤到辽东都指挥使司地区不得有误。

4月18日，明宣大总督：卢象升，之父明南直隶宜兴县知县：卢国霦，在山西行都指挥使司阳和卫探望完儿子卢总督后，便在返乡途中不幸去世！

5月11日，明宣大总督得知父亲去世的消息后，痛不欲生，连忙上疏朝廷乞求回乡奔丧，但是他的职位特殊且负责防御漠南蒙古诸部以及满清军队，因此明毅宗信王崇祯帝：朱由检，不准轻易离职，只是让他以席丧代替。

因此卢总督只得身披麻衣、脚穿草履、头裹白巾，还连上七次奏折请求回乡，无奈之下明毅宗也不是不讲情义之人，便派明居庸关监军：高起潜，为［宣大监军］，并明宣府总镇巡抚：陈新甲，为新任〈宣大总督〉才让卢象升穿着丧服交接回乡奔丧。

5月24日，明刑部尚书：刘之凤，奏陈道“天下囚徒皆五年一审录，而高墙内宗室罪犯，长期不予审讯，请对高墙罪同于天下四徒例。”

对此明毅宗给予批准，还规定高墙罪宗室五年一审例，还下令京师军民殊死以下特许保候即结。

6月初2日，在北直隶帝都顺天府内城西直门内的安民厂火药局发生重大事件，随着一声轰雷响起，方圆十余里内，地轴摇撼不已如地震一般，宫殿屋瓦均被震碎，梁尘飞扬西北隅白云滃郁，弥漫亘空，中夹苍黄黑子，旋转云际。

许久烟雾才散去，周边的树木均枯萎，街边行人或死或伤，死皆焦黑如炭，明安民厂太监：王甫、明广平库使：张之秀，当场俱毙！

事后据查居民死伤万余人，武库几乎空荡，朝廷只得发五千金赈恤。

8月15日，因外戚明英国公：张春，等数家诳财虐民，每征子钱，夺人田宅子女，惹得官员上奏刑部用刑。

气得明毅宗立即出面口谕外戚明博平伯：郭振明，等人说道“皇戚驸马之家，姻联帝室，禄享天糈，回视闾阎，不啻天渊，仁人君子，当此遭际，必安心守分，不负国恩，厚德养俭，以保身名。乃有蔑弃礼法，或滥交（岂页）权，至纵令恶棍鱼肉小民，受献霸占，科道瞻徇，有司畏忌，彼茕觊细民，含冤抱恨，惟诅谤呼号而已，天怒降殃，国法罔贷，幽则嗣斩，显则身刑，人鬼交责，即拊心自悔，嗟何及矣，我宣宗章皇帝外戚事鉴，分别善恶，各有报验，足示劝戒，特赐省览，盖不干法纪，即是尊君；不思害人，即是积德在国恩礼无亏，于己身名俱泰，何其之美！”