眼下见杀入东虏建奴鞑子酋长（指满清太宗）中军帐无望后，曹总兵只得率军退回松山堡广宁中屯守御千户所）内修养。

事后让满清太宗非常震怒，满清各大将领皆被处分罚银，并加强了御营周边的防御。

9月26日，卫拉特蒙古和硕特部固始汗：孛儿只斤·图鲁拜唬，发兵攻打藏巴汗：噶玛丹迥旺波，先占领卫藏大部分地区，迫使藏巴汗率领残部退守到后俄力思军民元帅府地区。

而卫拉特蒙古和硕特部固始汗则乘胜进军，并占领了藏巴汗的府邸沙鲁万户府。

10月12日，西班牙哈布斯堡王朝驻军决定加强防御，由西班牙哈布斯堡王朝圣萨尔瓦多城长官：波提罗，违背西班牙哈布斯堡王朝驻马尼拉总督：科奎拉，的指示。

重建可以俯瞰圣萨尔瓦多城的撤守堡，以免日后尼德兰军队从此地，居高临下炮击主城，但这也引起了尼德兰军队的重视。

12月20日，明毅宗信王崇祯帝：朱由检，敕令内臣十二监四司八局宦官们，不得干预朝政，并戒谕廷臣们说道“朝廷分职，原是宫府不同，臣子守官，岂容暗奸作弊，况析圭儋爵之义，宜无私交，而防微杜渐之闲，尤先近侍，无奈世风日降，士乞遂靡，虽奉公守法者固多，而行险侥幸者亦有，妩媚交欢，势权嫟就，为阿大夫之借誉，左右扫门，有路可通，无径而走，窥探泄漏，视为固然，以后内外大小诸臣，如再蹈前辙，宪典具在，朕不敢私。”

明崇祯十五年公元1642年正月初8日，巴达维亚的尼德兰王国荷属东印度公司再以，尼德兰王国荷属东印度公司驻巴达维亚中校：拉莫提，为统帅增援大员（台湾府）。

不过当地的尼德兰王国荷属东印度公司驻大员总督：保罗·杜拉弟纽司，担心夏季海风结束前，援军无法抵达大员，遂派遣尼德兰王国荷属东印度少校：哈鲁斯，带了396名尼德兰士兵再次进攻，这就是第二次圣萨尔瓦多城战役。

此时尼德兰军队已经有了重武器，所以能攻城如虎添翼，导致西班牙哈布斯堡王朝驻军总共阵亡6位士兵，损毁2台加农炮，彻底放弃抵抗，双方开始协商。

正月20日，明蓟辽总督：洪承畴，听说朝廷有援军即将赶到，又派6千人马出城夜袭，却被清军击败退回城内。

正月26日，经过商议之后西班牙哈布斯堡王朝驻军开城投降，从此西班牙哈布斯堡王朝控制台湾府北部的历史结束，还被尼德兰军队送到巴达维亚囚禁。

2月18日，满清太宗见围困已久，便再次下令满蒙联军炮轰松山堡（广宁中屯守御千户所），城内的明军依旧顽强抵抗，明毅宗还派遣明顺天府巡抚：杨绳武，督师军队北上前去救援明蓟辽总督：洪承畴，但明顺天府巡抚却走到顺天府玉田县（兴州左屯卫）就病死了。

无奈之下明毅宗只得又派明兵部右侍郎：范志完，领兵北上救援，又以明山海卫左参将：焦埏，出山海卫协助。

此时松山堡（广宁中屯守御千户所）城内早就弹尽粮绝了，军民们争相抢食树木草皮乃至敌军尸体，明广宁中屯守御千户：夏成德，不想就这样白白饿死，便私下里送饥饿的儿子出城，前去满蒙联军大营内当做人质。