心里也已经了无牵挂便放下面子，决定剃发降清，还交代了李氏朝鲜僧人联络自己私通大明之事！

然而洪承畴投降以后，明毅宗：朱由检，却对此毫不知情，他还以为洪总督为国捐躯了，便下令在帝都北直隶外城天坛特赐祭九坛，刚祭到第九坛的时候，又得到了北镇抚司锦衣卫缇骑军报，说道“启禀陛下，洪总督在盛京城剃发降清了！”

此事一出京城内外瞬间大惊，待消息传到南方家乡福建承宣布政使司泉州府南安县英都乡时，洪老夫人：傅氏，直接气炸大骂儿子不孝，其弟书法家：洪承畯，也直言其兄毫无忠君爱国之心！

6月10日，从辽东都指挥使司赶回京城的明兵部职方清吏司郎中兼使者：张绍愉，私下与清廷使者谈好，并带回书信转交给明兵部尚书：陈新甲，负责处理。

满清太宗在信中写着，约以平等相交及岁币、疆界事，为议和条件其内容主要有四个方面；其1两国平等交往，大明天子要承认大清帝国的存在，不在属于反明建州叛军，其2每岁贵国馈黄金万两、白金百万两，我国则馈以人参千斤、貂皮千张，其3约定边界，以宁远卫双树堡中间的土岭为大明国界，以塔山堡为大清国界，并开放互市贸易，其4彼此护送逃人。

这份议和书按理来说条件并不苛刻，因此明兵部尚书看过之后大为欢喜，便准备待明日上朝之时，悄悄递给皇帝陛下批准，但他却粗心大意高兴过头，早早回书房睡觉去了。

未收藏密件，而是直接放在书案上，被家僮看见误以为是塘报？便抄了下来，传给行人司。

于是次日朝堂之上，六科御史均上奏弹劾，京城内外军民均为之唾弃，眼看瞒不住了明毅宗也不想背这个责任，便下令指责明兵部尚书私自议和，命北镇抚司锦衣卫抓陈新甲入诏狱。

但是陈新甲却拒不认罪，反而还自诩其功，明毅宗害怕事情闹大便早早了断，以议和中断为由不许官员弹劾，可明吏科给事中：马嘉植，却又站出来弹劾陈新甲。

另一边满清都察院承政：张存仁，上奏满清太宗请求尽快招降明宁远卫总兵：吴三桂，并让其舅舅满清汉军正黄旗总兵：祖大寿，致信道“大明气数已尽，重臣大帅皆被俘归降，吴总兵乃是祖总兵的外甥，何以表明自己，大厦将倾，一木难支，您纵然苟延岁月，但智竭力穷，最终也要重蹈你舅父覆辙。不如现在就投降，还能在大清获取勋名。”

但被明宁远卫总兵直接拒绝，并烧毁书信当做没有这回事。

7月17日，明毅宗告诫吏部群臣道“近年来有司不修守备，贼至辄陷，原与冲锋阵亡及持久力诎之士不同。若概赠荫，保以奖励忠劳今后宜详加分别，除异常义烈，恤典取自上裁。其失事损身，有司六七品赠监司五品，其五品赠临司四品，方简官赠京秩，著为令。”

7月20日，大明帝国西部俄力思军民元帅府境内，藏巴汗：噶玛丹迥旺波，兵败被俘，卫拉特蒙古和硕特部固始汗：孛儿只斤·图鲁拜唬，将曾取缔达赖封号的藏巴汗缝在生牛皮里，并丢进大河雅鲁藏布江河里淹死。

随后又继续西进，降服了俄力思军民元帅府地区，亲自驻守沙鲁万户府，命其长子：孛儿只斤·鄂齐尔，镇守大慈法王驻地拉萨城，并分兵控制卫藏各地，成为实际统治卫藏的和硕特汗国。

7月29日，陈新甲从狱中上书乞求宽容，但被明毅宗给拒绝了，因此陈新甲只得贿赂北镇抚司诏狱。

为此明户科给事中：廖国遴、明兵科给事中：杨枝起，等官员多方营救，但明刑部右侍郎：徐石麒，则认为不妥还据不答应！