蒙元京畿都尉：孛儿只斤·库库帖木尔，被迫逃跑，就连率先赶到大都路救驾的蒙元四川招讨使也投降明军，至此98年的大元蒙古帝国灭亡。

同时大明取得了在长城以南的统治权，还赐（顺帝）封号给蒙元惠宗，并承认大元蒙古帝国的正统，但大明建立后虽然蒙元帝国失去了对中原的统治却仍然拥有着广阔的北方草原地区以及中书省北部、陕西行省西部、四川行省、云南行省、宣政院辖地、辽阳行省、岭北行省、甘肃行省、征东行省、等地仍归蒙元惠宗顺帝统治，还有西部畏兀儿、东部的高丽国和辽阳行省广宁府路的蒙元太尉：扎刺儿·纳哈出，都在配合蒙元皇帝准备反扑明军，因此大明时刻感到有重大威胁。

明洪武二年、蒙元至正二十九年公元1369年2月16日，明太祖：朱元璋，在鸡鸣山立功臣庙，当时他告谕中书省群臣说“元末政乱，祸及生灵。我倡义临濠，以全乡曲，继率英贤渡大江，遂西取武昌路，东定集庆路，北下中原，南平闽广，越十有六载，始克混一每念诸将相从，捐驱戮力，开拓疆宇，有共事而不睹其成，建功而未其报，追思功劳，痛切我怀，因此，命有司立功臣庙，序其封爵，为像以祀，人孰无死，死而不朽，乃为可贵如诸将者，生建忠勇之命，死有无穷之荣，身虽殁而名永不磨灭。”

6月初3日庙成，明太祖亲定功臣位次，以明魏国公：徐达，为首、明郑国公：常遇春，为次、再到明曹国公：李文忠、明卫国公：邓愈、明信国公：汤和、明黔国公：沐英、明越国公：胡大海、明郢国公：冯国用、明梁国公：赵德胜、明高阳郡公：耿再成、明浙西行省平章政事：华高、明济国公：丁德兴、明豫国公：俞通海、明蔡国公：张德胜、明全州卫指挥佥事：吴良、明大都督府佥事：吴桢、明山西行省平章政事：曹良臣、明同知大都督府事兼太子右率府使：康茂才、明安陆卫指挥使：吴复、明东海郡公：茅成、明大都督府副使：孙兴祖，这二十一人死者像祀，生者虚位。

又以廖永安、俞通海、张德胜、桑世杰、耿再成、胡大海、丁德兴七人配享太庙。

明太祖为了打击蒙元帝国势力派出明郑国公：常遇春、明曹国公：李文忠，出兵攻下攻打上都路，迫使蒙元惠宗顺帝不得不北撤应昌府。

明洪武三年、蒙元至正三十年公元1370年，明太祖改各地中书省治下的（路）为；府，按照府、州、县排名，并以明魏国公：徐达，为征虏大将军出征沙漠途中遇见驻守在沈儿峪口的蒙元河南郡王知枢密院事，他与明魏国公率领的明军展开激战。

明军以步骑、火铳队、火炮营、弓箭队、长枪队列阵迎敌大败元军，蒙元河南郡王知枢密院事仅与妻子和少数随从北渡黄河跑到岭北行省驻地和林，就连关内的陕西行省、甘肃行省也被大明帝国占据，还擒拿了蒙元郯亲王：孛儿只斤·薛笃阇，蒙元文济郡王：孛儿只斤·帖木儿不花，以下官员一千八百六十五人。

其中明左副将军：李文忠，等部将还率军从东路出居庸关直克应昌府，把蒙元惠宗之孙：孛儿只斤·买的里八刺，以及后妃、诸王、官吏等多人被俘解往至大明京师应天府，明太祖赐封蒙元皇太孙：孛儿只斤·买的里八剌，为「崇礼侯」希望蒙元能够臣服大明帝国。

闻此噩耗传来时蒙元惠宗顺帝直接吐血身亡死于牙账内，时年50岁，蒙元皇太子则在精锐铁骑保护下逃到和林，与蒙元河南郡王知枢密院事汇合，并在和林被拥立即位为大蒙古帝国第16代大汗，称〈必力克图汗〉年号「宣光」，以明年为宣光元年，还废除皇帝称号，不在以（大元）为国号，而以（大蒙古帝国）为国号，史称（北元）在即位后遇到了来和林的北元河南郡王知枢密院事：扩廓帖木儿（王保保），从此君臣和好摈弃前嫌重归于好。