其余部族人则被委任为千户、百户、卫镇抚、总旗、小旗、千总、把总等官职，赐给诰印、冠带，还设置了建州卫经历司，从此大明帝国在女真族地区开始了大规模的设置卫所机构。

明永乐二年公元1404年正月19日，明太宗亲自下令禁止民间海船下海，原有海船全部改为平头船，所在地方设有（备御千户所）防止其私自出海，依旧有福建承宣布政使司塘县沿海居民私载海船出海远行西洋贸易，因而为浪人或者贼寇，所辖地区州府县官员如实奏报朝廷处理。

2月有苦兀女真部首领：把刺答哈，忽剌温兀者首领：阿剌孙，脑温部首领：古驴，等人来朝进贡，明太宗一高兴便设置了〈奴儿干卫〉管理此处，并以把刺答哈为奴儿干卫指挥使、阿剌孙为奴儿干卫指挥佥事，古驴为奴儿干卫镇抚，并赐以诰印、冠带、袭衣及钞币等，以此说明黑龙江下游地区归入大明帝国版图。

之后明太宗又在斡难河、黑龙江流域的南北地区以及松花江、乌苏里江、格林河、恒滚河等流域先后设置了120个卫、10个守御千户所，进一步加强了对该地区的统治。

11月因为明太宗在直沽县为海运商船往来要地位置十分重要，故此设立〈卫〉筑城，而自己也曾是在这里起兵南下的，为了纪念「靖难之役」的胜利，明太宗赐名为〈天津卫〉意谓着此地乃是天子经由之渡口。

故此设置天津卫码头巡司屯守直沽县，由于海运只能抵达直沽县，再用小船运至北京，故命在天津卫置露屯一千四百所，用来储蓄物品。

12月又设置了天津左卫码头巡司。

之后又派遣使臣去陕西行都指挥使司封原驻守在哈密力的北元肃亲王：孛儿只斤·安克帖木儿，为大明忠顺郡王，又设置哈密卫管理此地。

在明永乐三年公元1405年6月15日明太宗派明司礼太监：郑和，带着27800人乘座62艘宝船下西洋，第一次远航大明船队对外宣布天子恩惠安抚边邦诸国，而西洋诸国也都派遣使者去朝见大明皇帝。

在途经麻喏八歇国（满者伯夷国王：维克拉马法哈纳）时，因为该国有战乱分东、西二王经常互相交战，待明军们经过之际西王不知情误以为是东王帮凶，故此派人半路劫杀前队大明宝船登岸人员，事件发生之后西王得知真相立即就派了使者前来谢罪，明司礼监太监看在西王主动请罪受罚，以及不知情的份上对该事件予以了克制和原谅。

之后在三佛齐国时遇到了抢劫商旅的渤林邦国酋长：陈祖义，他见大明宝船上财货众多就打起了小算盘，计划用诈降计攻打明军船只在杀人夺货。