洞试结束后，在圣源峰遇到玄老，在他的帮助下，修炼太乙青木痕。之后怨龙毒爆发，夭夭用吞吞的血帮其镇压。参加苍玄宗的任务，与李卿婵和赵烛等人前去黑炎州抢夺源脉，获得首功。回到宗门后，修炼玄老所给的小玄圣体。在首席之争时，与陆宏一脉相争，击败袁洪，成为圣源峰首席，在圣源峰中获得第二道圣纹：地圣纹，并带领圣源峰众人在源池祭的时候坑害剑来峰，以不到五百的人数几乎击垮剑来峰万余人。在源池祭最后，出现了百余年未曾为出现的万丈水兽，十位圣子联合夭夭，吞吞和周元才侥幸打败它，获得从未有过的九龙洗礼。

半年后，玄源洞天开启，圣州大陆诸多宗门都派弟子前往争夺机缘。在洞天中，与圣宫针锋相对，先后斩杀圣宫首席宁墨（被周元重创，被范妖夺取四色筑神异宝而死）、范妖，断圣宫首席赵鲸一臂，重创圣宫圣子柴嬴，圣宫圣子铁魔、雷俊，在最后的大战中，楚青对阵圣宫第一圣子姜太神，夭夭对阵第二圣子詹台清，周元对阵第三圣子金蟾子。在金蟾子被周元使用银影击杀，詹台清被夭夭的魂炎重伤的时候，姜太神不得不放弃对苍玄宗的战斗。周元在洞天的石壁中得到了第三道圣纹：天诛。

周元突破九重天巅峰时，圣宫中武煌凭借血修罗之身，打败姜太神，成为圣子榜第一圣子。周元挑战六峰，成为圣子之首，夺得七峰圣术。回到苍玄宗后，周元将许诺给夭夭的桃夭酿取出与夭夭品尝，夭夭尝出周元的血得知其材料是由周元之血浇灌半年才结成的，被其感动。他们两情相悦，发展为恋人。他们将一坛桃夭酿埋入树下，夭夭告诉周元其味道难以忘怀，假如有一天她将一切忘记就带她来喝这桃夭酿。周元在玄老的帮助下修炼成了玄圣术。

在周元回大周时，圣宫弟子和苍玄宗弟子打了起来。周元与武煌交战，虽然武煌是第一圣子，但是，武煌还是在与周元的生死之斗时落败而亡。除掉死敌的周元回到了苍茫大陆

之后周元成功突破到神府境，自身气府进化为混沌九神府，然后在与武王的对战中斩其肉身，但武王的神魂逃离，周元只身前往大武都城，与从混元天回来的武瑶见面，武王神魂则被武瑶所灭。武瑶欲夺周元圣龙之气，夭夭却于此时出现，两女一场大战即将开始，周元却又遭武瑶仰慕者赵云霄偷袭，随后武瑶离开。

从来自天云阁的神府境口中得知圣印被隐于雷击之地，为避免圣纹被察觉决定先行寻觅圣印，从黑毒王的口中察觉到圣印被隐于黑渊，与夭夭一同前往寻找。在黑渊雷池中寻出圣印，但因此暴露圣印所在引来苍玄天所有顶尖强者。因天圣殿殿主的威胁，夭夭解开了封印，周元听从玄老的建议与玄老一同将圣纹置入圣印中，唤醒苍玄老祖的残魂，被苍玄老祖借用肉身对抗圣元及外界的圣族强者，但因圣元以肉身接引圣族达到圣者二莲境而陷入绝境。情急下以苍玄老祖残留的力量击碎圣印，使得圣印化为无数碎片四散各地，并企图引爆剩余力量让夭夭逃走，因苍渊及时赶到而化解危局，然而夭夭因解除封印的力量过强面临身躯崩解的危机。随后被苍渊带离苍玄天，并为了救夭夭前往混元天。

抵达混元天的时候，因为圣族的攻击陷入昏迷，意外砸死邱家小儿子邱阳，并引发州主之争，途中认识伊秋水等人，在州主之争上，将莫渊重创，帮助伊秋水获得州主之争的胜利，被伊秋水带领前往天渊洞天，秘密拜见了二师姐郗菁，被其授予风阁副阁主的职位，前往风阁，并结识叶冰凌等人。在风阁修炼期间神魂实力抵达化境，并发明了风母纹，与吕霄等人结仇，在风阁阁主之争上击败陈北风，成为风阁阁主。其后努力提升实力，准备在四阁之争上夺得四阁总阁主之位。前往雨州寻找天湮兽心以进化天元笔，并将前来暗袭的火阁副阁主方鳌斩杀。因方鳌被杀一事，玄鲲为保住锡光长老一职，被迫答应郗菁这次天炎祭改为自由竞争，天炎祭需神魂夺炎，周元操练风阁所有成员神魂，提前修炼魂灯术，与林阁合作天炎祭共同抗衡火阁和山阁。晋级神府境后期，参与总阁主之争，依次击败韩渊、吕霄，成为四阁总阁主，接受三山盟陈玄东的挑战并将其击败。与苏幼微重逢，并参与九域大会，一人击败卢海等五位超级黑马。进入远古地域，寻找先天灵机，并在第一界遇到赵牧神，拼尽全力勉强抵挡其攻击，后又遇到袁鲲，与之交手后，结盟一起对付九宫和薛惊涛等人所率队伍，与之交战并取胜，后与袁鲲，九宫击败陨落妖影，获得先天灵机。进入超级空间，使用银影打败徐暝，夺得第七座石像后成功打通九神府，底蕴暴涨至九千三百万，成为当世神府境底蕴第一，并阻止赵牧神吞噬武瑶气运与其搏斗.战斗中，为阻止赵牧神突破天阳境，将自己神府境的源气底蕴提升至一亿，后随手撕开赵牧神吸收武瑶，苏幼微三人源气化成的屏障，并强行打断赵牧神的突破，将其一脚踢飞。最后从武瑶身上夺回剩余的三分之二气运，但是在吸收吸收武瑶身上最后一道圣龙之气时，武神大尊插手，以帮助周元拖住万祖大尊的追杀为条件，要求周元留给武瑶最后一道圣龙之气，随后周元占领首座神像，夺得九域大会第一名。然而万祖域拒绝交出祖龙灯，并驱使混元天五方顶尖势力与天渊域开战。郗菁愤然应战，并公布苍渊第三弟子身份。