木叶第三十年五月，云隐村后勤首次出现供给不足，五年的长期作战让他们耗尽了村内的战争储备。抓住机会，猿飞日斩直接发动总攻，云隐村败退，连月之国都无法多呆，直接退回雷之国本土。

木叶第三十年八月，面对木叶的强大压力，云隐村率先派出使者求和，因为木叶方面没有攻破云隐村的力量，又因为村内后勤也陷入紧张，无法再支持长时间作战，三代火影与三代雷影签署停战协议。

木叶第三十年九月，因为云隐村退出占据，能够空出手来的猿飞日斩直扑岩隐战场，随后与雾隐村联手大败岩隐。二代土影见势不妙借道草之国回到土之国。木叶与雾隐并未深入追击，实际上他们也缺乏追击的实力。

因为这次雾隐村横插一脚，二代土影对水影怀恨在心，认为是他们坏了自己的好事，如果没有他们，说不定木叶早已被攻破。

木叶第三十年十月，见到其他两处战场先后退回本土，本就在风之国境内的砂隐也返回村子，他们这次更多的趁火打劫，此时抢了不少好东西，自然是心满意足，没必要再和木叶死磕。如果认真算起来，他们反倒是这次战争中得利最多的村子。

木叶第三十年十二月，各种小国先后停战，雾隐早已回村，第二次忍界大战结束。也就是在结束的当月，奈良老族长因操劳过度一病不起。

木叶三十一年一月，卧病一月的奈良老族长病逝，回归村子的猿飞日斩表示悲痛，并亲自举办葬礼。

之后的一切事情可谓告一段落，猿飞日斩在此次大战中闯出偌大的名声，五年多的战场生涯让他的实力突飞猛进，又因为忍术的多样，隐约中有“忍者博士”的名号传出，三代火影的位置终于座稳。

除他之外，木叶村中还有志村团藏、水户门炎、转寝小春、宇智波镜、以及新一代猪鹿蝶等等高手扬名。

不过总体来说，第二次忍界大战是一场木叶村在被动的情况下打的一场大战，虽说最后获得了战胜国的名声，可实际上实力损失惨重，与云隐、岩隐、砂隐也只是停战，甚至因为此战还支援了大量的物资给雾隐村。