2001-02赛季贝尔巴托夫在勒沃库森效力的第二个赛季，贝尔巴托夫的表现有了明显提升，尤其是在欧洲冠军联赛里他的表现非常出色，他在面对法国球队里昂和英格兰的利物浦时均取得入球，协助球队挤身决赛。勒沃库森最终一比二惜败于西班牙劲旅皇家马德里脚下。2001-02赛季结束时，勒沃库森在欧洲冠军联赛、德甲联赛和德国杯均屈居亚军，贝尔巴托夫在各项比赛出场四十一次打进了十六球。

在2002-03年的赛季，他成为球队首席前锋，但是他在这个赛季表现较差，仅仅为球队进了六球，勒沃库森也只是到赛季末才保级成功。2003-04赛季贝尔巴托夫状态回升，在三十三场联赛中打进了十六球。

而在之后的2004-05赛季和2005-06赛季里，贝尔巴托夫更可谓光芒四射，他在这两个赛季里他总共打进了五十球，不但一举奠定了自己德甲顶级射手的地位，同时也引起欧洲的大俱乐部的广泛关注。

2006-07赛季英格兰超级联赛球队托特纳姆热刺以转会费一千六百万欧元签下贝尔巴托夫，并使他成为保加利亚有史以来身价最高的足球运动员，2006年8月16日在热刺零比二负于博尔顿的英超联赛中，贝尔巴托夫便获得首次在英超亮相的机会。

在三天后的2006年8月19日，热刺在主场白鹿径球场面对升班马谢菲尔德联队的比赛中，贝尔巴托夫就攻入他个人在英超赛场的处子球。贝尔巴托夫一开始在联赛里表现一般，但是在联盟杯比赛中表现非常抢眼，帮助球队挤身欧洲联盟杯四分之一决赛，在对阵土耳其的贝西克塔斯和比利时的布鲁日都获得了最佳球员，在所参加过的八场联盟杯比赛中打进了七个球。在赛季末，贝尔巴托夫各项比赛出场四十九次并打进二十三球，此外还有十二次助攻的数据，成功当选了2006-07赛季的英超最佳球员，同时被评选入英超当季最佳阵容。