这两份奏折送上之后，明神宗勃然大怒当即命人拟旨治罪，遂予明礼部祠祭清吏司主事廷杖六十，革职为民。

明万历十五年公元1587年3月初3日申时，河南承宣布政使司怀庆府修武县出现地震，有声自西北来，若雷沉而小。

戍时复震摇塌城垛鼓楼、碑亭房舍无数，获嘉未时地大震，声如雷，至夜二鼓又大震，波及到了卫辉府汲县、淇县、辉县，申时继续地震，有声如雷，城堞摧记，屋宇动摇，而开封府也是申时地震，城堤摧记。

接着开封府阳武县、封丘县、杞县、尉氏县、商水县，中牟县、新郑县、项城县、郾城县、汜水县、长垣县、卫辉府汲县、延津、浚县、滑县，怀庆府河内县、原武县、武陟县、孟县、温县，裕州，彰德府林县，乃至山西承宣布政使司潞安府长治县一带，都出现了房瓦动摇现象，户牗震响。

随后陵川地震，以及北直隶顺天府京师、大名府，等地夜复大震，宿鸟齐飞，数十个府州县同日俱震，震中烈度（Io）VIII，震级六级。

3月26日大明龙虎将军兼漠南蒙古土默特部首领：孛儿只斤·扯力克，自称为第三代大明顺义郡王希望得到与大明的朝贡赠品。

然而漠南蒙古瓦剌奇喇古特（土尔扈特）三娘子：钟金·克兔哈屯，却把与大明互市的印信，交给了自己和夫君漠南蒙古土默特首领俺答汗：孛儿只斤·阿拉坦，所生的儿子：孛儿只斤·布塔施里，因此惹得新任的漠南蒙古土默特部首领大怒，决定发兵攻打。

但漠南蒙古土默特部众觉得这是在内斗，便联名上书请求大明帝国册封新任首领。

最终朝廷经过商议决定封漠南蒙古土默特部首领为顺义郡王，其中明神宗赐婚把漠南蒙古土默特前任首领：俺答汗，妻子：三娘子，嫁与漠南蒙古土默特部新任首领，是为「忠顺夫人」各赐钱物有差。

此举使得漠南蒙古土默特部解除了危机，也让漠南蒙古土默特部忠顺夫人：钟金·克兔哈屯，继续掌握大权，实行与大明帝国的友好关系。

从6月23日开始，北直隶京畿地区连降大雨，官民房屋倒塌不计其数，居民被压死、溺死者亦不计其数，民饥困不堪。

6月29日，明神宗急忙令明顺天府府尹：周继，加意赈恤，贫困户每人发米五斗、银五钱，压死者，每人一石、银一两，伤者，米七斗、银七钱。

7月10日南北各地相继发生旱涝，灾情严重，先是黄河决堤水淹河南承宣布政使司开封府，再到开封府、河南府陕州、灵宝县，府州县大雨不止，漂没人畜不计其数。

北直隶京畿通州三卫大风雨，漂损漕米八千一百七十三石。

7月21日，江北蝗灾、陕西承宣布政使司大旱、江南大雨，据明户部右侍郎：孙丕扬，上奏称“黄河饥民食草木，陕西承宣布政使司富平县、蒲城县、同官县，等诸县皆食石头，今海内困于加派，请酌定岁用，清难裁之冗，息难支之民。”