乱民先后杀死明安庆卫指挥使：陈越、明黄州府判官：陈策，使得朝廷惶恐不安！遂命令湖广都指挥使司各地卫所和南直隶五军都督府调集大批军队，分兵进剿围攻梅堂军。

2月初3日，梅堂军首领：刘汝国，被明军围困在安庆府地区，让太湖县乡兵：张惟忠，给抓获献俘明军斩于安庆卫指挥所，部众二百五十余人全部遇难，此次梅堂军造反失败。

7月21日晚上戌时，南直隶苏州府、松江府，等地东风怒卷，导致太湖水涨潮高达二丈，大风拔木仆屋，田禾皆被淹没。

7月27日又有大雨昼夜不绝，使得禾苗腐烂！庐舍漂没，居民大饥，复又起大疫，迫使米价暴涨，斗米白银二钱、斗麦白银一钱。

时人啖糠屑，以豆饼作粥，继而又以草根树木为食，饥民尸体甚多，饿殍填塞，街巷濠堑浮死遍野，舟船皆不能行，城内外积骸如山。

朝廷不得不下发南直隶各部衙门库银，用来赈灾安民以定人心。

8月初2日明孟密宣抚使：思忠、明蛮莫安抚使：思顺，又继续私下叛投缅甸军民宣慰使司东吁王朝。

由于这两人已经彻底潜逃到缅甸军民宣慰使司东吁王朝去了，故此朝廷就让思忠的母亲：罕洪，思顺的母亲：罕送，代替他们的儿子领关防印章。

两人还带领缅军在9月初7日，北上入侵占领了孟密宣抚使司，打算威逼莫蛮安抚使司。

9月20日因明甘肃总镇总兵：刘承嗣，约束太严，时常鞭挞部下，饷银又不按时供给，惹得部众遂反抗起事，持刀欲杀明甘肃总镇巡抚：曹子澄，以此来要挟陕西行都指挥使司都司府发放军饷。

朝廷得知后立刻罢免了明甘肃总镇巡抚：曹子澄，和明甘肃总镇总兵：刘承嗣，的官职发放去陕西行都指挥使司肃州卫边疆。

10月初4日，明都察院右都御史兼总督河道：潘季驯，建议河防八事，上奏道“一；久任部臣，说水性有顺逆，河情有分合，地势有险夷，只有久任才能熟悉情况。二；责成长令，说理河如理家，今沿河州县长犹家长，调集夫役，备办物料，宜有专责，州府县官亦有总理之责。三；禁调官夫。四；预定工科。五；立法增筑。六；添设堤官。七；加帮填土。八；接筑旧堤。”

这八条治理黄河、长江，决堤之道均被明神宗：朱翊钧，批准录取。

明万历十七年公元1589年3月初9日，因以往被升任授的官员皆需要入朝觐见皇帝陛下，当面叩头谢恩。

然而久不视朝的明神宗：朱翊钧，却再一次令内官传旨道“奏对数多，不耐劳剧，不临朝视政。”

并传令免去在京升任授官的面谢礼，此后明神宗视朝越来越少！